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1947年、作家志望の青年スティンゴ（ピーター・マクニコル）はニューヨークに出て、ブルックリンにあるジンマーマン夫人のアパートに住む。ここは内装がピンク一色という変わったところであった。階段で2人の男女が争っているのを目撃。その夜、件の女ソフィー（メリル・ストリープ）が彼の部屋にやって来た。「父はポーランドの大学教授でユダヤ人を助けようとした」と語るソフィーの腕には、強制収容所の囚人番号の烙印があった。翌朝、スティンゴはソフィーとネイサン（ケヴィン・クライン）に起こされた。ネイサンは製剤会社ファイザーに勤めている生物学者で、強制収容所から解放されて渡米したソフィーが貧血と疲労で倒れたところを救い、今は一緒に住んでいるという。三人はコニー・アイランドで終日遊び、親友となった。しかし、スティンゴはネイサンがソフィーに言った「わかるかソフィー、俺たち死ぬんだ」という言葉が気になる。ネイサンの紹介でつきあった淫乱少女レズリー・ラピダスを抱こうとすると、「性に対する恐怖を精神療法でやっと卑猥な言葉を口にすることができるようになったところだ」と泣かれて閉口する。心身ともに疲れてもどった彼にソフィーが寝酒を誘う。そして、父と夫がドイツ軍に拉致されて処刑されたこと、自分は病気の母のため闇市でハムを買ったことがばれてアウシュヴィッツに送られたのだという。カソリック教徒である彼女は、解放後、教会で自殺を図ったとも語る。ネイサンの部屋へ入ると、ナチ関係の本がいっぱい。ユダヤ人である彼はナチの犯罪が許せないのだ。ネイサンはスティンゴの大事な原稿をひっさらって読み、ソフィーとスティンゴを連れてブルックリン橋へ行き、スティンゴは偉大な作家になると予言するのだった。ある日、ネイサンはノーベル賞ものの研究が完成したと打ち明ける。その夜、ネイサンはソフィーが雇い主と外出したことを責めたあげくスティンゴの小説を青くさい自己憐憫という。翌日、ネイサンとソフィーがいなくなった。スティンゴは、ポーランド時代にソフィーの父の講議を受けたという教授から意外な事実を聞いた。ソフィーの父はナチ信奉者だったというのだ。その夜、もどってきたソフィーを問いつめると、彼女は父、父の弟子であった夫が反ユダヤ主義者であったことを認める。だが、ナチはそんなことはかまわず、父と夫を拉致し、彼女自身も息子ヤン、娘エヴァと一緒にアウシュヴィッツに送られたのだという。ヤンは子供バラックに、エヴァは抹殺され、彼女は収容所長ヘスの秘書にされる。父のナチ賞揚の論文を見せヤンをドイツ人化計画に組み入れてくれと頼むが、効果なく、ヤンのその後は知れずじまいに終ったと語るソフィー。ある日、スティンゴはネイサンの兄ラリーから弟は妄想性分裂症であると聞かされる。その夜、ネイサンはソフィーに求婚し、新婚旅行にスティンゴの故郷である南ヴァージニアに行くと発表する。幸福そうなソフィー。ある日、またネイサンが怒り出し、スティンゴはソフィーを連れてワシントンに逃げる。ホテルの一室で、ソフィーに求婚するスティンゴ。彼にソフィーが告白する。「アウシュヴィッツの駅でナチの医者が3人の前に来て、子供を1人だけ手放せと迫った。出来ないと言うと、医者は、では2人とも焼却炉行きだと冷たく言いはなつ。無情な選択を迫られ、ついに娘を連れてってと叫んだ」と。ソフィーとスティンゴはその夜、結ばれた。翌日ソフィーの姿はなかった。ブルックリンにもどったスティンゴは、ソフィーとネイサンが自殺したことを知る。