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ジョー・アームストロング（マイケル・ダディコフ）は、米陸軍の兵士で、今はフィリピンに配属されている。ある日、彼は、コンボイを護送中に賊に襲われる。そこで、忍者装束の賊（タダシ・ヤマシタ）どもから、基地指令官の娘パトリシア（ジュディー・アロンソン）を助け出したジョーは、彼女を父ヒコック大佐（グッチ・クック）の元へ送り届ける。しかし、そのヒコック大佐こそ、地元のマフィアのボス、オルテガ（ドン・スチュワート）と組んで米軍兵器を南アフリカのブラック・マーケットに売ろうと計画していた張本人だった。彼は相棒のリナルド（ジョン・ラ・モッタ）と“ブラックスター・ニンジャ”という一団をやとっていた。基地に帰った彼は、同僚のジャクスン（スティーヴ・ジェームズ）と喧嘩するが、それを機に、2人は厚い友情を結ぶようになる。ジョーは、ジャクスンに、自分が実は記憶喪失にかかっており子供の頃のことを覚えておらずなぜ自分が忍術が出来るかもわからないと告白した。やがて、ジョーの生命を狙うヒコックらによってたびたび襲われるが、追いつめられてオルテガの屋敷に来たジョーは、そこでテロリストに忍術を教えている老人、シンユキ（ジョン・フジオカ）に会い自分の過去を知った。シンユキは、元日本帝国陸軍の兵士で、第2次世界大戦後ジャングルにひそんでいた。その時、交通事故で両親を亡くした3歳のジョーを見つけ、親がわりになって彼を育てて来たのだった。そこで忍術を身につけたが、悪徳建築会社のアメリカ人にアメリカヘ連れていかれ、孤児院で育って軍隊に入ったのだった。涙の対面もつかの間、シンユキは、ジョーをかばってブラックスター・ニンジャに殺されてしまった。シンユキに武装一式と黒い忍者装束を渡されていたジョーは、シンユキの仇のためにも、そして、ヒコックの裏切りを恐れたオルテガによって誘拐されたパトリシアを救うためにも、敵陣に乗り込んだ。そして見事、討ち勝つのだった。