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1885年のロシア。ネズミのマウスビッツ家はネコの大群に襲われた家を焼かれたためにアメリカ移住を決意した。ドイツから船でアメリカに向かう途中、息子のファイベルは甲板に落ちた帽子をとろうとして波にさらわれた。空びんの中に飛び込んで九死に一生を得たファイベルが気づくとニューヨーク湾に流れ着いていた。そこで彼は、フランスから贈られ今ニューヨークに建設中の“自由の女神”の仕事に携わる鳩のアンリに助けられて移民局へ行く。ファイベルは別れ別れになっている父や母、妹の居所を知っているというワレン・Ｔ・ラットに案内されるまま、モーという大ネズミの工場へ連れて行かれる。実はワレンは悪徳商売人で、従業員を奴隷のようにこき使うモーの工場でファイベルを働かすために騙して連れて来たのだ。気落ちしたファイベルを救ったのはトニー・トポーという若いネズミだった。その頃、ファイベルと離れてしまったマウスビッツ一家はスラム街で暮らしていた。ネコの犠牲となったネズミの通夜の席上で話題になったのは、猛威をふるうネコ対策だった。町一番の金持ちで有力者のガッシー夫人の提案でフォークやナイフを持ったネズミたちがジギタラン博士の恐怖の館に続々と集まって来た。ある日ファイベルはモウラー団というネコのグループのアジトを見つける。何とそこにはファイべルを奴隷工場に売り渡したワレン・Ｔ・ラットがおり、何と彼は大きな付け鼻をしてネズミに化けたネコだったことを発見する。あまりに驚きが大きかったために、ファイベルはモウラー団に発見され捕まってしまう。一方、ガッシー夫人を中心とするネズミ達のネコ退治の計画は着々と進行、明朝6時の汽笛を合図に恐怖の館で作られた秘密兵器によって計画は決行されることになった。ネズミ収容所から脱出したファイベルが逃げ込んだのは恐怖の館だった。そのためにネコとネズミが入り乱れて大パニック状態となった。ネズミ達はミンスクの大ネズミの形をしたネコ退治攻撃兵器だった。脱兎のごとく逃げまどうネコの群れを迫うネズミたち。波止場に逃げ込んだネコ達は次々と海中へ落ちていった。騒ぎがおさまった頃、ファイベルは懐かしい一家と再会することができた。離れ離れになりながらも決して希望と勇気を忘れることがなかったファイベルを皆がとり囲み、祝福し続けた。