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西暦二二〇二年のある日、豆粒のような光の点が、もの凄いスピードで地球に迫っていた。謎の光は、巨大なミサイル状の物体で、やがて地球に軟着陸。さらに、黒色艦体が押し寄せ、地球防衛軍は劣勢に追い込まれる。その頃、故沖田艦長の記念像の下で、古代、森雪をはじめ、島、相原、徳川、佐渡、アナライザーなど旧ヤマトの乗組員が集まっていた。そして、惑星イカルスの真田と連絡をとり、そこにヤマトのあることを知る。イカルスへ飛ぶため、高速連絡艇のある秘密ターミナルに向かう乗組員。敵兵が迫る。最後を走る雪の背に敵の銃弾が命中。押し寄せる敵に、一行は、傷ついた雪を残し、イカルスに出発する。イカルスでは真田、山崎、山南新艦長、そして、雪にうりふたつの真田の姪、澪が待っていた。そして、あの謎のミサイルは重核子爆弾といい、爆発すれば一瞬のうちに人類の脳細砲が破壊されることをつきとめる。ヤマトは起爆装置のある四十万光年のかなたの暗黒星団帝国に向けて発進。一方地球では、傷ついた雪に、黒色艦隊将校アルフォンは「私の愛を受け入れれば爆弾の解体方法を教えよう」と迫る。その頃、ヤマトの船内で、古代は、澪が真田の姪ではなく、スターシャと守との間に生まれたサーシャであり、イスカンダル人の血により、一年で十七歳に成長したことを知る。ヤマトは立ち塞がる暗黒星雲と浮遊要塞を突破する。ところが、雲の向こうから現れたのは、何と地球だった。何故地球が？　動揺する乗組員たち。その地球のような星から女が現れ、ヤマトの一同を案内する。恐る恐る追いていく一行は、大広間に通された。そこには、ゴッホ、ピカソをはじめ数々の美術品が。そして、聖総統スカルダートが現れ、「ここは二百年後の地球だ。破壊すればお前達の未来はない。このまま、ここにとどまれ」と説明する。愕然とするヤマト一同。信じられない。しかし、古代たちは総統の説得をフリきってヤマトに戻る。だが、サーシャはそこへ残ると主張。裏切られた気持のヤマト一行。そして、大助が、ロダンの“考える人”の腕が逆なのに気づき、その地球が偽物と見破った。その時、敵の巨弾が迫り、ヤマトも反撃。ヤマトから発っせられた光の束は巨弾に命中。ところがその大爆発のショックで、敵の母星も誘爆。「あの星にはサーシャが」茫然と見つめる古代。猛火が鎮まると、中から巨大なパイプの突き出たメカニックな球体が出現。そのとき、ヤマトのスクリーンにサーシャが現れ、「この星は内部に敵の本部があり、外から攻めてもダメ、南極のハッチを開くから、そこから突入して、中心部に破動砲を打ち込んで。総統が重核子爆弾のスイッチをいつ入れるかわかりません。そして北極のハッチから逃げて」と言うと姿を消した。古代たちは、サーシャが全てを知っていて、敵のもとに残ったことを悟る。再び、スクリーンにサーシャが。銃をかまえ、向かい合うサーシャと総統。倒れる二人。這いながら必死にスイッチに向かう総統。涙をためて、破動砲を射つ古代。大爆発。ヤマトは危ういところで北極ハッチから脱出。そこへ、雪がパルチザンとともにアルフォンを倒したと地球から通信が入った。雪を愛してしまったアルフォンの教え通り、自動起爆装置をはずす雪。これで全てが終った。スクリーンを通して、古代と雪の顔に笑みがこぽれている。