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19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる世界最大のブルーサファイア“紺青の拳”の回収を現地の富豪が目論むなか、ホテル「マリーナベイ・サンズ」近郊で殺人事件が発生。現場には、月下の奇術師・怪盗キッド（声：山口勝平）の血塗られた予告状が残されていた。その頃、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦するため、蘭（声：山崎和佳奈）と彼女の親友・園子は現地を訪れる。パスポートを持っていないコナン（声：高山みなみ）は留守番のはずだったが、彼を利用しようとするキッドの奇術的な方法により、強制的にシンガポールへ連れてこられてしまう。キッドに従わなければ日本に帰ることすらできないコナンは、メガネや腕時計、服などをすべて奪われ、変装することに。その正体に気付いていない蘭に名前を聞かれ、とっさに“アーサー・ヒライ”と名乗るコナン。一方、キッドはある邸宅の地下金庫にブルーサファイアが眠っているという情報を入手。難なく侵入に成功したと思われたが、そこに400戦無敗の最強の空手家・京極真が立ちはだかる。そんな折、不吉な何かを予兆するかのようにシンガポールの象徴・マーライオンから真紅に染まった水が放出。やがて“獅子の国”の煌めきが黒炎に包まれる夜、世界を揺るがす闇の計画と、新時代への鐘の音が鳴り響く……。