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世界中に産業革命の波が押し寄せ、近世から近代に移り変わろうとした頃、後にカバネと呼ばれる不死の怪物が突如現れ、爆発的に増殖、全世界を覆い尽くしていく。それらは鋼鉄の皮膜に覆われた心臓を持ち、噛んだ者までもカバネにしてしまうのだった。そんななか、極東の島国である日ノ本で、分厚い装甲に覆われた蒸気機関車、通称・駿城の一つ、甲鉄城に乗り込んだ生駒（畠中祐）たちは、カバネとの熾烈な戦いを潜り抜け、新たな攻防戦の地、日本海に面する廃坑駅「海門」に辿りつく。生駒たちは、同じくカバネから「海門」を奪取しようとする玄路、虎落、海門の民と「連合軍」を結成。カバネ撃退の策を講じるが、「海門」の地にはある秘密が隠されていた……。