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以前警視庁特命係で杉下右京（水谷豊）と組んでいた現・警察庁長官官房付の神戸尊（及川光博）が、杉下と杉下の現相棒・甲斐亨（成宮寛貴）の元を訪ねてくる。神戸が特命係に来たきっかけは、「馬に蹴られて男性死亡」と書かれた新聞の三面記事だった。事故が起きたのは、ある実業家（宅麻伸）が所有する孤島・鳳凰島だった。その島にまつわる妙な噂が絶えないため、特命係に事故を手がかりに島を調査させよとの密命を警察庁次長・甲斐峯秋（石坂浩二）から受けていた。気乗りしないまま特命係の二人は八丈島を経由し鳳凰島へ向かう。島では元自衛隊員たちが訓練を積み共同生活をしていた。グループのリーダー・室司（伊原剛志）と高野志摩子（釈由美子）の案内で事故現場に向かうが、二人は島の人々から歓迎されていない雰囲気を感じ取る。事故で亡くなったのは、普段は会社に勤め一時的に訓練に参加していた予備自衛官だった。事故の検証はこの島を調査する口実にすぎなかったが、杉下は事故ではなく殺人事件ではないかと疑い、密かに鑑識課の米沢守（六角精児）と連絡を取り証拠をつかもうとする。さらに甲斐峯秋の働きかけにより警視庁捜査一課の伊丹憲一（川原和久）、三浦信輔（大谷亮介）、芹沢慶二（山中崇史）が島に派遣され、鑑識課の米沢守を含めいつもの面々が島に集結。事件の鍵となる証拠をつかむが、その矢先に何者かにより襲撃される。それは、島で行われている元自衛隊員の訓練とは異なる計算されつくした手法での襲撃だった。杉下たちは事件の真相を探るうちに、防衛省や国の権力者たちが関わる大きな謎に突き当たる……。