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人工皮膚の開発に従事する若き科学者、ペイトン・ウェストレイク（リーアム・ニーソン）は、恋人で弁護士のジュリー（フランセス・マクドーマンド）が手に入れた土地の再開発にからむ収賄事件の証拠書類を持っていたことから、突然デュラン（ラリー・ドレイク）ら殺し屋一味に襲われ、書類を渡せと拷問を加えられた末に実験室に火をつけられる。全身に大火傷を負いながらも奇跡的に一命を取りとめた彼は、全ての神経を切断されて感覚が麻痺した結果、抑制力を失ない超人的な力を発揮するようになっていた。その夜病院を抜け出したペイトンはジュリーのもとへ向かうが、変わり果てた姿となった彼をジュリーが見分けられようはずはなかった。失意の中ペイトンは廃工場の暗闇の中に身を潜める＜ダークマン＞となって、超人的な努力で人工皮膚の研究を再開するが、それはまだ実験段階で、どうしても光に弱く99分で分解してしまうのだった。一方、ジュリーはデュランを雇ったのが不動産業界の大立者ルイス（コリン・フリールズ）であることを知り問いつめるが、彼は動じないばかりか、逆に彼女に自分の片腕にならないかと迫る。そんな中在りし日のペイトンの姿の仮面をかぶったダークマンが再びジュリーの前に現われる。死んだと思っていた恋人の生還に喜ぶ彼女に、彼はどうしても自分のありのままの姿を見せることができず、いつも治療があるといっては皮膚の分解する前に消え去るのだった。そしてついにダークマンの復讐が開始される。人工皮膚を使って変装した彼はデュラン一味の1人1人になり替わることによって、彼らを仲間割れに追い込み、1人ずつ仕留めてゆく。そんな不審な死亡事故の連続にダークマンの正体はペイトンではないかと疑ったジュリーは、ペイトンに変装したダークマンの後を追い、正体を知っても驚かない、復讐に協力する、と告げるが、ペイトンの生存を知ったルイスは彼女を人質に取ってダークマンに挑戦してきた。ヘリコプターを使って攻撃してくるデュランを倒したダークマンは、高層ビルの建設現場でついにルイスと対決する。壮絶なバトルの末ダークマンは勝利を収めるが、思わず駆け寄るジュリーに彼は、「仮面をつけると中身まで変わる」と言い放つや、真のダークマン－－誰でもない者になって雑踏の中に消えていった。