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第二次大戦初期。ドイツの改造商船アトランティス号は、連合国の艦船を奇襲し多くの戦果をあげた。艦長レガー（ヴァン・ヘフリン）は世界各国の旗を掲げ、敵国艦隊に近づき降伏を要求、乗員を退去させて撃沈した。彼は乗務員を出来るだけ救出し、ナチ党員クルーガー中尉が反対した。イギリス海軍のラッセル堤督（チャールズ・ロートン）はイギリス商船にアトランティスの発見を命じた。アブダラ号は白旗を掲げアトランティスを砲撃し、海軍省に現在位置を報告した。アブダラ号は敗れ乗務員は逮捕された。生存者にフランス人の踊子ジジ（ミレーヌ・ドモンジョ）、ユダヤ人のブラウン教授と妊娠中の妻サラ（エレオノラ・ロッシ・ドラゴ）らがいた。一方、海軍省ではただちに巡洋艦を派遣したが、遂に撃沈された。ラッセル堤督は諜報部とはかり、アメリカ海軍の将校をドイツ海軍司令部に潜入させ、アトランティス号の所在確認に成功した。アトランティス号ではジジがクルーガーを誘惑しようとしたがナチ党員とわかりやめた。サラは無事出産した。ラガーはノールウェイの船に収容した人々を移し、中立国に送った。が、船はアトランティス号を離れた直後、雷撃を受けて沈んだ。ラッセル堤督は巡洋艦を派遣し、アトランティス攻撃を命じた。イギリス商船をよそおう無抵抗のアトランティス号は撃沈された。レガーは救出され、多くの乗組員が死んだ。堤督には沈没した船がアトランティスであったかどうか確認ができなかった。ひきつづきアトランティス捜索の命令を発した。