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コネチカット州、ニューロンドン沖100キロの濃霧のたちこめた海上で、事件は起こった。本土をめざし、浮上航行していたアメリカ海軍原子力潜水艦ネプチューンが、レーダーの故障したノルウェーの貨物船と接触。船尾をひきさかれたネプチューンは、1400フィートの深みに沈んでいったのだ。そこはしかし、海底ではない。艦は岩棚の端にかろうじてひっかかっているだけで、岩棚の下には底知れぬ深海が広く、ひろがっていた。もし何らかの衝撃が艦に加われば、その中に落ち込んでゆくだろう。そしてこの海域では、地殻変動が激しかったのだ。一方、ネプチューンの艦内では、ブランチャード艦長（チャールト・ヘストン）を含む乗組員41名が奇跡的に生存を続けているが、海中は、司令室の隣室まできており、酸素の量も36時間分しかない。それまでに全員救出されるだろうか－－。一方、衝突した貨物船のＳＯＳで、事故はノーフォークにある海軍司令本部に通報された。時を移さずベネット大佐（ステイシー・キーチ）を隊長とする救助隊が組織され、沈没現場の近くにいたＬＳＴ（上陸用舟艇）・ナッソーに救援本部がおかれ、ＤＳＲＶ（深海救援艇）がサンディエゴ基地より急送される－－。準備や手配に忙殺されつつも、ベネットは妻に電話をかけて、テニス中のブランチャード夫人ビッキー（ローズマリー・フォーサイス）に事故を知らせさせた。一方、ネプチューンの方では、負傷者の手あてと、乗務員が楽観的な気分を保とうとしている。だが、1人サミュエルソン（ロニー・コックス）だけが、艦長の責任をわめいていた。が、その時、地すべりがおこった。1平方インチ270キロの水圧の日、しかし、不通になっていた無線が、ナッソーとの連絡を可能にする－－。そして、その頃、ナッソーにベネットは到着する。いよいよオペレーションは開始だ。しかしまたしても地すべりがおこり、ネプチューンの脱出用ハッチを土砂がおおってしまう。これをとりのぞくまで、救出活動は不可能だ。ワシントンでは緊急会議が行なわれ、ゲイツ大佐（デイヴィッド・キャラダイン）が設計、開発した新型潜水艇を土砂除去に用いることとなった。やがて、そのスナークと名づけられた潜水艇はナッソーに到着し、ゲイツは助手のミッキー（ネッド・ビーティ）と共に深海にもぐる。ようやく2人の目に見えてきたネプチューン。今、再びこの艦は無線が不通となった。そして土砂をとり除くスナーク。だが三再び地なりがおき、艦は90度かたむいてしまう。そうなってはＤＳＲＶは使えない。ブランチャードは、船を水平にもどすべく、イチがバチか左舷のタンクの排水を行なった。しかし、60度に戻っただけだ。空気はあと6時間。崖と船との間に大岩がはさまっているのだ。ゲイツはこれにプラスチック爆弾をとりつけて爆発させる。そして爆発。ネプチューンはゆっくりと姿勢を水平にもどした。いよいよＤＳＲＶの出番だ。生存者の第1陣はナッソーに運ばれ、続いてブランチャード以下の第2陣の番となった。だがその時、また地すべりが……。岩棚の斜面をすべりはじめるネプチューン。ゲイツは早速、スナークをネプチューンの下にもぐりこませ、自らくさびとなってネプチューンを守った……。そして、ＤＳＲＶの第2陣は無事、蒼い空の下に運ばれたのであった－－。事件は終った。しかし、多くの人々の生命も失なわれたのだ－－。