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前作で得た金のおかげでＳＦＸのエキスパートになったロリー・タイラー（ブライアン・ブラウン）現役を引退し、恋人キム（レイチェル・ティコティン）と連れ子のクリス（ドミニク・ザンブローナ）と一緒に悠々自適な生活を楽しんでいたが、キムの前夫で刑事のマイク（トム・メイソン）のたっての願いで連続婦女暴行殺人鬼逮捕のためのおとりに彼のＦ／Ｘ術を再び使うはめとなる。作戦は成功したかに思えたが、突如として第三者が現れマイクの首を引き裂いた。殺人鬼はマイクの上司シラク（フィリップ・ボスコ）の手でマイク殺しの犯人として射殺された。しかし、ロリーは内緒で仕掛けた小型カメラで真相を知っていた。シラクが第三者が用いたカミソリを殺人鬼の手に握らせていたことも。それをシラクに悟られたロリーは、マイクを殺した殺し屋に襲われる。それを危ういところで助けたのが、ロリーの相棒、レオ・マッカーシー（ブライアン・デネヒー）だった。前作の事件で刑事をやめた彼は、今は私立探偵を営んでいた。事件の背後を探ろうと、レオは懇意にしていたコンピュータ・オペレーターの女刑事ベレス（ジョージ・デガッツマン）の協力を得て、マイクが掘り起こしていた迷宮入り事件を調べ、ロリーはシラクの電話を盗聴した。そうして浮かび上がったのが20年前のバチカンの秘宝ミケランジェロの純金メダル盗難事件であり、ニーリーという密告屋の存在だった。レオは旧知でやり手の女性検事リズ・ケネディ（ジョアンナ・グリーソン）を通じて、刑務所にいるニーリーを訪れたが、彼は死を前にしたメダル盗難事件の犯人につきっきりであった。ロリーはマイクが遺したコンピュータ・ディスクの存在に気づき、殺し屋の魔手が迫る中、キムとクリスを巻き込んだ決死の戦いの末、殺し屋を制し、レオとベレスはディスク情報を手に入れた。しかし、突然のマフィアの銃撃でベレスは殺された。やがて隠されたメダルのありかを聞き出したニーリーが出獄し、教会の隠し場所から現物を手にした。彼はシラクと合流し、マフィアの邸宅に向かった。彼らはマフィアにメダルを一千万ドルで売り付けようとしていたのだ。そこへ、レオがリズを伴って踏み込んだ。だが、リズはレオ目がけて銃の引き金を引いた。野心に燃える彼女は敵方に通じていたのだ。だが、ロリーもまた屋敷に侵入していた。彼の爆弾による撹乱工作で、シラクとニーリーはヘリで高飛びしようとしながら裏切り合って、シラクはニーリーを射殺する。レオは生きていた。彼はディスク情報からリズの敵との内通を見抜いていたのだ。あらかじめ呼んであった警察のサイレンが鳴り響く中、ロリーはヘリに操縦者の代わりに乗せたロボットで金を奪った。だが、彼は余計なものも盗んでいた。マフィアがバチカンに返却しようとしていたメダルである。ロリーとレオはバチカンに出向いてメダルを寄贈するのだった。