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エイリアンが宇宙貨物船ノストロモ号を襲った惨事から唯1人生き残った2等航海士リプリー（シガニー・ウィーヴァー）は、57年後、催眠カプセルの中で眠りながら宇宙空間を漂っているところを発見され、ゲッタウェイ・ステイションに連れてこられた。彼女は貨物船会社の上層部にエイリアンの話をするが、誰も信じようとはしない。そればかりか、エイリアンの卵の巣である未踏の惑星ＬＶ426に宇宙技術者やその家族が住みついていると聞いて驚愕するのだった。今はアチェロンと呼ばれているその惑星との連絡が途絶え、リプリーはその原因調査を依頼され、しぶしぶ宇宙海兵隊員と共に軍事用輸送船スラコ号に乗り込んだ。乗り組員は貨物船会社のバーク（ポール・ライザー）、植民地海兵隊員ゴーマン中尉（ウィリアム・ホープ）、一等曹長アポーネ（アル・マシューズ）、ヒックス伍長（マイケル・ビーン）、女性伍長ディートリック（シンシア・スコット）、アンドロイドのビショップ（ランス・ヘンリクセン）などだった。母船スラコ号から荒れ果てた惑星の表面へと向かう着陸船と装甲兵員輸送車。植民地の主だったビルを探検するうち、両親と兄をエイリアンに殺されたという7歳の少女ニュート（キャリー・ヘン）を発見、救出した。建物全体をくまなく探索するうち、ほぼ全体がエイリアンとその卵に占拠されているのを知り、愕然とする。そして、前よりもはるかに凄絶な戦いが始まった。さすがの勇猛な兵士も敵の多勢に押され、次々と倒れていった。バークはエイリアン研究のため、リプリーとニュートにエイリアンを宿らせようと企む。会社側のあまりの非人間性に怒るリプリーと兵士たち。結局、リプリー、ニュート、ヒックス、ビショップのみが生き残り、リプリーの獅子奮迅の活躍でエイリアンをやっつけるのだった。（20世紀フォックス映画配給＊2時間16分）